咽扁桃体与腭扁桃体的结构特点不同，需根据部位进行分析。
咽扁桃体表面被覆假复层纤毛柱状上皮，无隐窝，有杯状细胞。黏膜形成纵行皱襞，固有层内有许多淋巴组织，上皮内也常见淋巴细胞浸润。
腭扁桃体黏膜表面覆盖复层扁平上皮，上皮向下陷入形成数十个隐窝，隐窝周围的固有层有大量淋巴小结及弥散淋巴组织，隐窝上皮内含有淋巴细胞、浆细胞、巨噬细胞、朗格汉斯细胞等。前面、后面与凸隆的外侧面包有被囊，该囊由一层结缔组织膜形成，称扁桃体囊。由该囊向腭扁桃体伸出许多结缔组织小梁。腭扁桃体上部较深的陷凹称扁桃体内间隙，间隙上壁内有丰富的淋巴组织，其开口呈弧形，又称扁桃体上窝。腭扁桃体下前方有由腭舌弓向后下延伸的三角襞，如其游离开则成为扁桃体前窝，与其对应的后内侧有扁桃体后窝。